由于制作工藝和地區飲食習慣的差異，臭豆腐在南北都存在著各自不同的做法，也成就了臭豆腐品種的多樣化，其中以北京臭豆腐和長沙臭豆腐為主要代表。臭豆腐的品種多樣，臭豆腐的醬料也頗有不同，以長沙臭豆腐為例，長沙臭豆腐多以湯汁和辣椒醬為主要調味料，而北京的臭豆腐乳確實饅頭和面食的最佳配品。

長沙臭豆腐，其特點為初聞臭氣撲鼻，細嗅濃香誘人。臭豆腐地區的差異主要體現在鹵水的差異上，長沙臭豆腐的鹵水配料，是采用豆豉、純堿、青礬（慎用，這是商家為了提高發酵效率而采用的）、香菇、冬筍、鹽、茅臺酒等共同煮制而成。用黑豆豉煮沸，冷卻后加冬菇、冬筍、白酒等作料，浸泡15天。所以長沙臭豆腐的顏色多為黑色。

南京臭豆腐，主要分為兩種，一種是灰白色的嫩豆腐，另一種是青墨色的豆腐干。嫩豆腐下油鍋炸至金黃色起鍋，澆上辣椒醬、芝麻醬、蒜汁、香菜、小蔥、姜末，吃起來外脆內酥軟，味道香濃；另一種青墨色的豆腐干，炸透之后的臭豆腐敢的表面就會起小泡，顏色由原來的青墨色轉變為灰黑色，將這類臭豆腐切成小塊，串在竹簽上，刷上辣椒醬、芝麻醬等醬料，味道十分可口且有嚼頭。

臺灣臭豆腐，臺灣的臭豆腐源自大陸，但是經過多次改良由有別于大陸的臭豆腐。其表面酥脆，而里面有很多細孔。和大陸北方的臭豆腐聞著臭吃著香的特點不同的是，臺灣臭豆腐外面臭里面也臭。臺灣臭豆腐在食用是要配上專門的泡菜，醬汁也與大陸的不同，頗有獨特的地域風味。

客家臭豆腐，在福建閩西連城客家，當地人喜歡在冬天用缸收集雪，來年夏天在雪水里加入稻草灰和一些佐料，然后以此做鹵水用來浸泡鮮豆腐，一天后撈出洗凈，澆上香油、青辣椒、蒜泥、元荽末、醬油和鹽味少許。用來做小菜佐餐，甚是愜意。

紹興臭豆腐，紹興臭豆腐以吳字坊臭豆腐為主要代表，其臭豆腐的主要特點是外酥里嫩、清咸其鮮、味美、亦香亦臭。吳字坊臭豆腐與其他臭豆腐不同的是，其銷售形式是，別具一格的包裝盒貼上商標，搬到店鋪以連鎖店專賣形式銷售。