純凈水顧名思義是“純凈”的，因為它在具體處理工藝上采用反滲透法、蒸餾法、去離子法或離子交換法等加工方法制造，能夠有效地將水中的有機物、重金屬、細菌、病毒等有害物質濾除。而目前大家生活中最常見的自來水則是通過水廠的取水泵站汲取江河湖泊及地下水、地表水，經過沉淀、消毒、過濾等工藝流程將水中的泥沙、雜物去除，同時通過加入具有一定殺菌作用的消殺劑如漂白粉、液氯等，對水中的細菌進行毒殺。

自來水和純凈水雖然都是飲用水，但是在目前這兩種水國家規定的質量標準上有著明顯的區別。如理化標準中的氰化物，自來水中含量規定要求≤0.05mg/L，而對純凈水則規定要求≤0.002mg/L，兩則要求相差25倍；衛生指標中的菌落總數，標準規定自來水要求≤100個/ml，而對純凈水則要求≤20個/ml，兩者要求相差又是5倍。

從運輸途徑來看，純凈水目前都是采取灌裝在專用桶內，以密封的形式進行運輸。如果對專用桶在回收后執行嚴格規范的清洗消毒，純凈水的質量就不會發生變化。而自來水通過管道輸送，一種是直接到達終端用戶，另一種是通過高層水箱、蓄水池再到達終端用戶的家中。如果管網污染、陳舊老化、破損修理，或高層水箱、蓄水池不清洗消毒，都會不同程度地造成二次污染。