（一）由于港澳通行證有效期為5年，所以持證人在辦理簽注申請時，有下列情況可同時申請換發證件：
　　1、證件有效期短于將要簽發的簽注有效期；
　　2、證件簽注頁用完或即將用完的；
　　3、證件被損壞的；
　　4、經審批機關或主管部門認可的其他情況。
　　（二）若北京市居民遺失有效港澳通行證，需要申請補發證件及簽注的，需要履行下列手續：
　　1、持北京市居民身份證的原件（身份證號碼或出生日期等戶籍信息發生變更的申請人，還須提交身份證號碼變更證明或有變更登記的本人戶口簿原件等證明相關材料），一張填寫完整、貼有兩寸彩色近期正面免冠光面照片（背景為淡藍色或白色）的《中國公民出入境證件申請表》（4月1日啟用）；
　　2、本人書面遺失聲明；
　　3、其他材料按申請簽注種類的相關規定提交。
　　4、持逗留簽注在香港或者澳門的北京居民，返回內地期間，往來港澳通行證及逗留簽注遺失或者失效，須交驗香港入境事務處或者澳門有關部門出具的確認其相關身份的證明原件，并提供復印件。申請人因特殊情況急需返回香港或者澳門，也可以向深圳簽證辦或者珠海簽證辦申請一次性有效入出境通行證返回香港或者澳門。
　　5、持逗留簽注在香港或者澳門的北京居民，在香港或者澳門期間，往來港澳通行證或逗留簽注遺失或者失效，可以通過香港或者澳門中國旅行社向廣東省公安廳深圳簽證辦或者珠海簽證辦申請往來港澳通行證及逗留簽注。提交填寫完整的申請表、申請人書面的遺失聲明、香港入境事務處或者澳門有關部門出具的確認其相關身份的證明。申請人因特殊情況急需返回內地，也可以向深圳簽證辦或者珠海簽證辦申請一次性有效入出境通行證返回內地。
　　（三）港澳通行證續辦手續
　　港澳證在有效期內，但想要再次辦理的，可以根據以下情況去辦：
　　1、港澳通行證在有效期內（3個月以上）、有足夠簽注頁且無破損的，再次辦理簽注手續時，北京市居民無須提交身份證和戶口簿原件及復印件，其他材料按申請簽注種類的相關規定提供。
　　2、港澳通行證在有效期內（3個月以上）、有足夠簽注頁且無破損的，再次辦理港澳個人旅游簽注的，北京市戶籍居民可在全市分縣局十七個接待大廳（東城分局幸福大街接待大廳因施工停止對外辦公）辦理短期赴港澳個人旅游簽注再次申請的加急手續。
　　3、港澳通行證在有效期內（3個月以上）、有足夠簽注頁且無破損的，再次申請港澳個人旅游簽注的，北京市戶籍居民可使用自助受理機辦理，無需提交申請表。設置自助受理機的分局有東城分局金寶街接待大廳、西城分局（新壁街接待大廳、梁家園胡同接待大廳）、朝陽分局、海淀分局、豐臺分局、石景山分局、昌平分局、順義分局、通州分局、大興分局、房山分局、平谷分局、懷柔分局、密云縣局。
　　注意事項：1、現役軍人、武警，軍隊離退休人員（未移交地方的），在公安機關出入境管理部門登記備案的人員、非京戶籍人員暫不能使用自助受理機和辦理短期赴港澳個人旅游簽注再次申請加急手續。
　　2、北京市居民持往來港澳通行證和逗留簽注，在香港或者返回內地期間，再次申請往來港澳通行證及逗留簽注，可以在北京市公安局出入境管理總隊或廣東省公安廳深圳出入境簽證辦事處辦理。
　　3、北京市居民持往來港澳通行證和逗留簽注，在澳門或者返回內地期間，再次申請往來港澳通行證及逗留簽注，或者申請赴香港其他簽注，可以在北京市公安局出入境管理總隊或廣東省公安廳珠海出入境簽證辦事處辦理。