鮮黃花菜中所含的“秋水仙堿”這種物質，有毒，經過腸胃道的吸收，在體內氧化為“二秋水仙堿”，具有較大的毒性。所以在食用鮮品時，每次不要多吃。由于鮮黃花菜的有毒成份在高溫60度時可減弱或消失，因此食用時，應先將鮮黃花菜用開水焯過，再用清水浸泡2個小時以上，撈出用水洗凈后再進行炒食，這樣秋水仙堿就能破壞掉，食用鮮黃花菜就安全了。

食用干品時，消費者最好在食用前用清水或溫水進行多次浸泡后再食用，這樣可以去掉殘留的有害物，如二氧化硫等。

不過，如果是干黃花菜的話，只要浸發后就可以放心的烹調各種美味佳肴，而且因其含有豐富的卵磷脂，對增強和改善大腦功能有重要作用，還能清除動脈內的沉積物，對注意力不集中、記憶力減退、腦動脈阻塞等癥狀有特殊療效，如果有上述癥狀困擾的人群可以適量食用。